Dyrektywa siedliskowa jest podstawą programu Natura2000 mającego na celu utworzenie w krajach Unii Europejskiej wspólnego systemu obszarów chronionych (Special Areas of Conservation, SACs – specjalne obszary ochrony). Morświn znajduje się na liście gatunków II Załącznika Dyrektywy i z tego względu jest jednym z gatunków, dla których Państwa Członkowskie zobowiązane są utworzyć specjalne obszary ochrony, aby ostatecznie przyczynić się do stworzenia spójnej ekologicznej sieci obszarów chronionych w obrębie Unii. Obszary te są przez poszczególne Państwa Członkowskie proponowane do akceptacji Komisji Europejskiej, która zatwierdza je w drodze decyzji jako tzw. obszary mające znaczenie dla Wspólnoty. Od chwili zgłoszenia obszaru Komisji, państwa są obowiązane zapewnić, że walory dla których obszar jest zgłaszany, nie zostaną utracone. Od chwili zatwierdzenia przez Komisję, Państwa Członkowskie są obowiązane zapewnić uniknięcie na tych obszarach jakiegokolwiek pogorszenia stanu siedlisk przyrodniczych i siedlisk gatunków, jak również uniknięcie znaczącego niepokojenia i innego zaburzania naturalnego funkcjonowania gatunków, dla których zostały wyznaczone takie obszary. Zgodnie z orzecznictwem Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej[2] dotyczy to także kontynuacji działalności prowadzonej w obszarze jeszcze przed jego wyznaczeniem – może być kontynuowana, o ile nie pogarsza stanu siedlisk ani nie zagraża gatunkom, dla których wyznaczono obszar. Każdy plan lub przedsięwzięcie, które nie jest bezpośrednio związane lub konieczne do ochrony obszaru terenu[3] , ale które może na nie w istotny sposób oddziaływać, zarówno oddzielnie, jak i w połączeniu z innymi planami lub przedsięwzięciami (tzw. oddziaływanie skumulowane), podlega odpowiedniej ocenie jego skutków na środowisko z punktu widzenia celów ochrony przedmiotowego obszaru. W świetle wniosków wynikających z tej oceny oraz bez uszczerbku dla przepisów ust. 4 właściwe władze krajowe wyrażają zgodę na ten plan lub przedsięwzięcie dopiero po upewnieniu się, że nie wpłynie ono niekorzystnie na dany obszar oraz, w stosownych przypadkach, po uzyskaniu opinii całego społeczeństwa. 

Wciągu najpóźniej 6 lat od zatwierdzenia przez Komisję jako obszary mające znaczenie dla Wspólnoty, Państwa Członkowskie są obowiązane wyznaczyć obszary wiążącym aktem prawa krajowego jako tzw. specjalne obszary ochrony, jednocześnie planując i rozpoczynając wdrożenie na nich koniecznych środków ochronnych odpowiadających ekologicznym wymaganiom typów siedlisk przyrodniczych wymienionych w załączniku I, lub gatunków wymienionych w załączniku II żyjących na tych obszarach, obejmujących odpowiednie plany zarządzania/ ochrony opracowane specjalnie dla tych terenów, bądź zintegrowane z innymi planami rozwoju oraz odpowiednie środki ustawowe, administracyjne lub kontraktowe.

W Polsce morświn jest przedmiotem ochrony w czterech obszarach Natura 2000 mających znaczenie dla Wspólnoty: Zatoka Pucka i Półwysep Helski PLH220032, Ostoja Słowińska PLH220023, Ostoja na Zatoce Pomorskiej PLH990002 oraz Wolin i Uznam PLH320019.

Morświn znajduje się również w Załączniku IV, który wymienia gatunki roślin i zwierząt ważnych dla Wspólnoty, które wymagają ścisłej ochrony w całym ich zasięgu, a nie tylko na wybranych obszarach. Wymagane jest ustanowienie rygorystycznego systemu ścisłej ochrony gatunku, który zabraniałby: jakichkolwiek form celowego chwytania lub zabijania okazów tych gatunków dziko występujących, celowego niepokojenia tych gatunków, w szczególności podczas okresu rozrodu, wychowu młodych i migracji, nawet nieumyślnego pogarszania stanu lub niszczenia terenów rozrodu lub odpoczynku. 

Na podstawie art. 12 ust 4 dyrektywy, Państwa Członkowskie są obowiązane wprowadzić także system monitorowania niezamierzonego odławiania lub uśmiercania gatunków z załącznika IV i w razie potrzeby, podjąć konieczne badania i środki ochronne, aby zapewnić, że niezamierzone odławianie nie ma znacząco negatywnego oddziaływania na populację tych gatunków. Komisja Europejska[4] podkreśla , że obowiązek ten dotyczy w szczególności przyłowów waleni. (...)

Mając na myśli powyższe przepisy i związane z nimi zalecenia, należy z dużą uwagą podjeść do wysiłku jaki czeka nas w najbliższym roku. Urzędy Morskie w Szczecinie i Gdyni oraz nadmorskie Parki Narodowe – Woliński i Słowiński ogłoszą wkrótce konsultacje na temat ochrony obszarów morskich za które odpowiadają. Plany te będą uwzględniać problemy morświnów w nich żyjących. Urząd Morski w Szczecinie przewiduje w następnym roku ok. 6 (łącznie) spotkań konsultacyjnych dla obszaru „Zatoka Pomorska” (kod obszaru PLB990003) oraz dla obszaru „Ostoja na Zatoce Pomorskiej” (PLH990002). Spotkania odbędą się w okresie od marca lub kwietnia do września lub października 2013 r.

Wszelkie uwagi do projektów planów ochrony można składać na adres Urzędu Morskiego w Szczecinie. Szczegółowe informacje dostępne są na stronie http://www.natura2000ums.eu/. Urząd Morski w Gdyni  przewiduje konsultacje społeczne w formie warsztatów, 5 spotkań dla obszaru Natura 2000 „Zatoka Pucka i Półwysep Helski” (kod obszaru PLH 220032). Spotkania planuje się w okresie 15 styczeń 2013r.– 15 styczeń 2014r. Wszelkie uwagi do projektów planów ochrony można składać na adres Urzędu Morskiego w Gdyni ul. Chrzanowskiego 10; 81-338 Gdynia, droga elektroniczną na adres planyochrony@umgdy.gov.pl a także na adres Regionalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska w Gdańsku i Olsztynie. Bieżące informacje o projekcie dostępne są na stronie internetowej[5]

Słowiński Park Narodowy planuje sporządzenie takiego planu ochrony dla parku narodowego, uwzględniając potrzeby obszaru „Ostoja Słowińska” (PLH220023). Podobne spotkania będą organizowane przez Woliński Park Narodowy dla obszaru „Wolin i Uznam” (PLH320019).