W 2005 roku Międzynarodowa Organizacja Morska uznała Bałtyk jako morze o szczególnej wrażliwości. Biotopy pelagialu (masy wodne) i dna morskiego w polskiej strefie Bałtyku stanowią 35 tys. kilometrów kwadratowych, czyli około 10% powierzchni całego Morza Bałtyckiego.

Przyjęte w atlasie nazewnictwo i podział biotopów oparte są na klasyfikacji opracowanej przez HELCOM (1998) w Czerwonej Księdze Biotopów Morza Bałtyckiego, Morza Bełtów i Kattegatu.

Celem atlasu jest pokazanie w możliwie przystępny sposób jak zróżnicowane jest środowisko Bałtyku,
a tym samym jak różnorodne są warunki, w których żyją organizmy. Do bliższego ich poznania przyczynią się zdjęcia i filmy Jerzego Abramowicza i Jana Warzochy wykonane podczas podwodnych eksploracji. Mapy i plansze obrazują umiejscowienie poszczególnych biotopów, a zamieszczone na wstępie objaśnienia ułatwią zrozumienie stosowanych nazw.